含惡臭物質的氣體經過去塵增濕或降溫等預處理工藝后，從濾床底部由下往上穿過濾床，通過濾層時惡臭物質從氣相轉移至水-微生物混合相(生物層)，由附著生長在濾料上的微生物的代謝作用而被分解掉。這一方法主要是利用微生物的生物化學作用，使污染物分解，轉化為無害的物質。微生物利用有機物作為其生長繁殖所需的基質，通過不同的轉化途徑將大分子或結構復雜的有機物經異化作用，氧化分解為簡單的水、二氧化碳等無機物，同時經同化作用并利用異化作用過程中所產生的能量，使微生物的生物體能增長繁殖，為進一步發揮其對有機物的處理能力創造有利的條件。污染物去除的實質是有機物作為營養物質被微生物吸收、代謝及利用。這一過程是物理、化學、物理化學以及生物化學所組成的一個復雜過程。
惡臭物質+ O2 微生物 細胞代謝物+ CO2+ HO2
生物除臭的過程：
1、氣相污染物進入水相或者被生物膜表面吸附
2、水相中的污染物被微生物降解
3、代謝廢物通過水相排出系統
生物處理一段采用對二甲苯的氧化有良好催化能力的火山巖做填料，在火山巖上生長著特別培養的細菌。通過培養生長在生物過濾器內的特殊微生物形成的生物膜，此生物膜一方面以廢氣中的污染物為養料， 進行生長繁殖，另一方面將廢氣中的有味的揮發性有機物質(VOC)作生物分解及脫臭處理，降解成為無毒無味的二氧化碳(CO2)和水(H2O)后再排出，效率可以達到95%以上。
