醫藥中間體廢水中的Cod、懸浮物和色度是主要的污染物指標。其主要特點是有機污染物濃度高、懸浮物含量高、色度高以及各種生化抑制因素。
制藥廢水的物化處理可以作為單獨的處理工藝，也可以作為生物法預處理或后處理。根據水質的不同，采用的物理化學法有：氣浮法、混凝法、吸附法、電解法等。
（1）氣浮法
氣浮也是制藥廢水處理過程中常用的一種方法，包括充氣氣浮、溶解氣浮、化學氣浮和電解氣浮。其中，化學氣浮法廣泛應用于高懸浮物含量廢水的預處理。經化學氣浮處理后，對CO-D和固體懸浮物的去除率分別達到50和80。氣浮法具有投資少、能耗低、工藝簡單、維護方便等優點。
（2）混凝法
混凝法是制藥廢水處理中常用的一種物理化學方法。通過投加混凝劑，可以降低污染物濃度，提高廢水的可生化性。常用的混凝劑有聚合硫酸鐵、三氯化鐵、鐵鹽、聚合氯化鋁、聚合氯化鋁、聚丙烯酰胺（PAM）等，混凝法廣泛應用于制藥廢水和中藥廢水。
（3）吸附法
吸附法是利用多孔固相材料吸附廢水中的某些或幾種污染物，達到凈化廢水的目的。在制藥廢水處理中，維生素、雙氯芬酸和中成藥生產過程中產生的廢水常采用干灰或活性炭處理。受吸附劑粒徑、表面和結構的影響，COD和色度的去除率分別約為40%和80%。
（4）電解法
當電極插入廢水并通過電流時，電子被接收到陰極板上。在水電解過程中，陽極上產生氧氣，陰極上產生氫氣。上述綜合工藝導致陽極氧化和陰極還原。目前，電解法主要用于處理含鉻、含氰廢水。
混凝法、氣浮法和電解法主要用于中藥制藥廢水的預處理，以降低廢水的懸浮物和色度，產生大量污泥。因此，生化法應成為中藥制藥廢水處理的主要方法。
生化法主要包括水解酸化、厭氧法、好氧法等，當廢水濃度較低時，一般采用水解酸化+好氧法處理，而厭氧法+好氧法適用于污染物濃度較高的廢水。
（1）厭氧法
厭氧法是中藥廢水常用的處理工藝，能去除有機廢水中的大部分污染物。在現有的研究中，采用兩相厭氧消化產酸相將大分子有機物分解為小分子物質，提高中藥廢水好氧處理前的可生化性。
（2）好氧法
好氧法處理有機廢水具有反應周期短、操作條件易于控制、管理簡單等優點。生物接觸氧化對COD有很好的去除效果，進水COD濃度不宜超過1000mg/L，否則會增加曝氣時間和能耗，最終增加處理成本。
