ELISA洗滌手工洗板人為因素比較大，實驗人員必須經驗豐富，洗滌次數要足夠，沖擊力又不要太大，加入的洗液量以剛滿反應孔為限，防止孔口內有游離酶未能洗凈，同時防止孔與孔之間液體交叉。洗滌結束后扣干亦非常重要，否則易造成假陽性。每次洗完板后，在吸水紙上輕輕拍干，拍板時要垂直，避免交叉感染。用力不能過猛，防止抗原抗體復合物脫離;吸水紙要一次性使用，應使用不易脫落碎屑的吸水紙為宜。酶結合物不耐干燥，特別在較高的溫度下更易失活，所以拍干的反應板應盡量縮短在空氣中暴露的時間，時間越長，吸光度值越低。
手工操作有浸泡式和流水沖洗式兩種方法：
一、浸泡式
1.吸干或甩干孔內反應液；
2.用洗滌液過洗一遍(將洗滌液注滿板孔后，即甩去)；
3.浸泡，即將洗滌液注滿板孔，放置1～2分鐘，間歇搖動，浸泡時間不可隨意縮短；
4.吸干孔內液體。吸干應徹di，可用水泵或真空泵抽吸，也可甩去液體后在清潔毛巾或吸水紙上拍干；
5.重復操作步驟3和4，洗滌3～4次(或按說明規定)。在間接法中如本底較高，可增加洗滌次數或延長浸泡時間。
微量滴定板多采用浸泡式洗滌法。洗滌液多為含非離子型洗滌劑的中性緩沖液。聚苯乙烯載體與蛋白質的結合是疏水性的，非離子型洗滌劑既含疏水基團，也含親水基團，其疏水基團與蛋白質的疏水基團借疏水鍵結合，從而削弱蛋白質與固相載體的結合，并借助于親水基團和水分子的結合作用，使蛋白質回復到水溶液狀態，從而脫離固相載體。
洗滌液中的非離子型洗滌劑一般是吐溫20，其濃度可在0.05%～0.2%之間，高于0.2%時，可使包被在固相上的抗原或抗體解吸附而減低試驗的靈敏度。
二、流水沖洗式
流水沖洗法最初用于小珠載體的洗滌，洗滌液僅為蒸餾水甚至可用自來水。洗滌時附接一特殊裝置，使小珠在流水沖擊下不斷地滾動淋洗，持續沖洗2分鐘后，吸干液體，再用蒸餾水浸泡2分鐘，吸干即可。浸泡式猶如盆浴，流水沖洗式則好比淋浴，其洗滌效果更為徹di，且也簡便、快速。
已有實驗表明，流水沖洗式同樣也適用于微量滴定板的洗滌。洗滌時設法加大水流量或加大水壓，讓水流沖擊板孔表面，洗滌效果更佳。
