熒光顯微鏡所看到的熒光圖像，一是具有形態學特征，二是具有熒光的顏色和亮度，在判斷結果時，必須將二者結合起來綜合判斷。結果記錄根據主觀指標，即憑工作者目力觀察，作為一般定性觀察基本上是可靠的。

隨著技術科學的發展，采用細胞分光光度計、流式細胞儀、激光共聚焦顯微鏡和圖像分析儀等儀器。但這些儀器記錄的結果，也必須結合主觀的判斷。

熒光顯微鏡攝影技術對于記錄熒光圖像十分必要，由于熒光很易減弱褪色，要及時攝影記錄結果。方法與普通顯微鏡攝影技術基本相同。只是需要采用高速感光膠片如ASA400以上或感光度27以上。

因紫外光對熒光猝滅作用大，如FTTC的標記物，在紫外光下照射30s，熒光亮度降低50％。所以曝光速度太慢，就不能將熒光圖像拍攝下來。一般研究型熒光顯微鏡都有半自動或全自動顯微鏡攝影系統裝置，或用CCD與計算機連接，將圖像存在計算機硬盤上。