生物除磷工藝優點：表現出除磷效果好，并能改進污泥沉降性能，減少活性污泥膨脹現象等。下面列舉幾個常用工藝。
1、A2/O 工藝
A2/O工藝是在 A/O 工藝的基礎上增加了一個缺氧階段，使好氧區中的混合液回流至缺氧區使之反硝化脫氮，從而使除磷和脫氮相結合。縮小了曝氣區的體積。
但是由于存在內循環，系統排放的剩余污泥中只有少部分經歷了完整放磷吸磷過程，其余基本上未經厭氧狀態而直接由缺氧區進入好氧區，這對于系統除磷是不利的。而且為了降低回流污泥中的硝酸鹽，必須提高混合液回流量，從而增加電耗。

2、Phostrip 工藝
該工藝把生物法和化學除磷法結合在一起，將一部分回流污泥 (約為進水流量的 10%～20%)分流到厭氧池除磷，污泥在厭氧池中通常停留 8～12 h，聚磷菌則在厭氧池中進行磷的釋放，脫磷后的污泥回流到曝氣池中繼續吸磷。含磷上清液進入化學沉淀池，投加石灰生成沉淀。它除磷效率可達 90%以上，處理出水含磷量可低于 1mg˙L-1，對進水水質波動的適應性較強，較少受進水 BOD 的影響，加之大部分磷以石灰污泥的形式沉淀去除，因此污泥處理不像高磷剩余污泥那樣復雜。

3、氧化溝工藝
氧化溝工藝由于其特殊的運行方式，在空間上形成了缺氧、好氧的交替變化，達到了硝化、反硝化和生物除磷的目的。其可在低負荷和較長的泥齡條件下運行，由于無需回流，比一般工藝節能 10% ～20%。若水量大或負荷高，則工藝占地面會很大。
所有的生物除磷系統都有以下幾個特點：保證厭氧區真正處于厭氧狀態，既不存在游離態的溶解氧，也不存在硝酸根等結合態氧，如通過改變污泥回流方式和路徑以避免硝酸根進入厭氧區，而防止厭氧區的反硝化作用，對聚磷菌厭氧釋放磷的競爭抑制作用;保證厭氧區進水中易生物降解有機物的含量，以使聚磷菌能在與其它細菌對食料的爭奪中占優勢，如可在進水中加入初沉污泥酸性發酵液等。